La Chiesa di S. Giovanni Battista sorge in posizione isolata a Bugiallo, a breve distanza dal centro abitato. Raggiungibile tramite un sentiero acciottolato, l’edificio risale almeno alla metà del Quattrocento, come attesta un documento del 1456 che lo descrive come un oratorio dell’arcipretura di Sorico già funzionante.
A seguito dei lavori di ampliamento effettuati intorno alla metà del XVI secolo, l’oratorio divenne una vera e propria chiesa; alla fine del secolo, quando fu consacrata del Vescovo Archinti, la chiesa mostrava un’unica aula con soffitto piano, il presbiterio voltato e affrescato e sul lato sud la sacrestia a volta e una nuova cappella anch’essa voltata.
La cappella, dedicata all’Immacolata Concezione, venne completata nel 1627 con la collocazione in una nicchia della statua mariana. Sempre nel XVII secolo, più precisamente nel 1637, fu aggiunta la torre campanaria mentre dalla seconda metà del secolo furono progressivamente costruite tre cappelle sul lato sinistro: nel 1680 la cappella del Battistero e tra il 1712 e il 1731 quelle di S. Carlo e dei Santi Guglielmo e Rosalia.
A partire dalla metà del XVIII secolo vennero effettuate diverse opere: in primis fu eretta e dipinta la cappella dell’ossario alle spalle dell’abside, poi fu restaurato l’altare maggiore e ampliato il coro con la sacrestia e infine fu coperta la navata con volta a botte.
Nel corso dell’Ottocento furono eseguiti altri interventi di restauro all’interno della chiesa e venne appesa la pala d’altare, datata 1839, di Luigi Fontana di Gera. I lavori di abbellimento continuarono fino all’inizio del XX secolo, con la realizzazione dell’altare marmoreo nella cappella dell’Immacolata e il plastico raffigurante il Sacro Cuore nella seconda cappella sinistra.